Marynarka (海軍 Kaigun; JPF: Marynarka Wojenna) jest siłą militarną Światowego Rządu na morzach i jest zbiorowym, najdłużej działającym antagonistą w serii obok Baroque Works, CP9, i Piratów Czarnobrodego. Jest ona obecna na wszystkich morzach świata, choć utrzymują tylko niewielką obecność wojskową na 4, przez utworzenie tam jednostek. Koncentruje się ona na bardziej niebezpiecznych wodach czyli Grand Line, mieści się tam ich główna siedziba. Główną siedzibą marynarki jest Marineford, ale po przeskoku jest ona przeniesiona na Nowy Świat kiedy Sakazuki zostaje admirałem floty.